Kegiatan kerohanian di SMP Negeri 6 Tanjungpinang dilaksanakan setiap Jumat. Pada minggu ganjil, kegiatan diisi dengan pembacaan kitab suci. Sedangkan pada minggu genap, kegiatan diisi dengan penampilan kelas secara bergiliran.
Penampilan kelas diisi dengan kegiatan berupa pembacaan ayat suci, pembacaan shalawat, ceramah, dan penampilan lainnya seperti drama sesuai tema yang telah ditentukan.
Pelaksanaan kegiatan kerohanian secara rutin ini dalam rangka membentuk karakter spiritual peserta didik. Kegiatan agama berbeda dilaksanakan secara tepisah sesuai dengan agama dan keyakinan yang dianut masing-masing peserta didik.